Ppg: em Biologia Evolutiva



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UNIVERSIDADE ESTADUAL DE PONTA GROSSA

PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOLOGIA EVOLUTIVA
PROGRAMA DE DISCIPLINA
SETOR: Ciências Biológicas e da Saúde

PPG: em Biologia Evolutiva


DISCIPLINA: Tópicos Especiais em Biologia Evolutiva II - Estudo da biodiversidade microbiana na era “OMICS” (teórica)

PROFESSOR: Dra. Carolina Weigert Galvão
Carga Horária Total: 45 hs.
EMENTA
Princípio das técnicas moleculares de vanguarda aplicadas na (meta) genômica, (meta) transcriptômica, (meta) proteômica e metabolômica. Purificação de ácidos nucléicos e proteínas de amostras ambientais. Construção de bibliotecas metagenômicas para bioprospecção. Sequenciamento de DNA pelo método Sanger e última Geração (“next-generation sequencing”). Análise da expressão gênica. Cromatografia líquida. Eletroforese em gel 2D. Espectrometria de massa.
OBJETIVOS


  1. Discutir as técnicas de isolamento de ácidos nucléicos e proteínas.

  2. Avaliar as técnicas disponíveis para análises moleculares em larga escala.

  3. Entender os princípios e as aplicações das técnicas para análise genômica de organismos isolados e amostras ambientais de interesse.

  4. Determinar as técnicas para o estudo da expressão gênica de organismos isolados e amostras ambientais de interesse.

  5. Entender os princípios e as aplicações das técnicas para análise do conteúdo proteico de organismos isolados e amostras ambientais de interesse.

  6. Elucidar as etapas necessárias para a construção de bibliotecas metagenômicas para bioprospecção.

  7. Comparar a técnica de sequenciamento de DNA tradicional (Sanger) com as técnicas de última geração (“next-generation sequencing”) como Roche 454, Illumina MiSeq, Solid, Ion Torrent etc.



ESTRUTURAÇÃO DO CONTEÚDO DA DISCIPLINA

Horários: Manhãs 8 – 12h e/ou Tarde 14 – 17h.


  1. Técnicas, princípios e cuidados necessários durante o isolamento e a manipulação de ácidos nucléicos e proteínas.

  2. Genômica de organismos isolados e metagenômica de amostras ambientais.

  3. Análise da expressão gênica através de microarray, RNA-seq, qPCR etc

  4. Separação de proteínas usando eletroforese bidimensional e cromatografia líquida para estudos de (meta) proteômica.

  5. Identificação de proteínas e outros metabólitos celulares pelo método de espectrometria de massa.

  6. Construção de bibliotecas metagenômicas para bioprospecção.

  7. Sequenciamento de DNA utilizando o método tradicional (Sanger) e técnicas de última geração (“next-generation sequencing”) como Roche 454, Illumina MiSeq, Solid, Ion Torrent etc.

  8. Seminários.


AVALIAÇÃO
- estudos dirigidos, seminários e questionários;

BIBLIOGRAFIA

BROWN, T. A. Gene Cloning and DNA Analysis: An introduction. 6 ed., Blackwell Science Ltd, 2010.

GREEN, M. R.; SAMBROOK, J. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 4 ed., Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012.



JOYCE, A.R., PALSSON, B.O.: The model organism as a system: integrating 'omics' data sets. Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 7, 198-210, 2006.

LEWIN, B. Genes IX, Artmed, 2009.

NELSON, D.L, COX, M. M. Lehninger: Princípios de Bioquímica, Artmed 5 ed. 2011.

SALZANO, F.M. Genômica, Atheneu, 2004.



Periódicos especializados na área de Biologia Molecular: Nature, Science, PNAS, Cell, Proteomics, Nucleic Acids, ISME Journal, outros.


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